Resumen

CASSOL, Matheus Pedron,; LENZ, Alexandre Rafael,; ZACARIA, Rudinei,  y  SILVA, Scheila, de Avila e. Configuración de Ambiente Computacional para el Ensamblaje y Anotación de Genomas: orientaciones para investigadores del Ciencia de la Vida. Rev. cienc. tecnol. [online]. 2022, n.38, pp.71-80. ISSN 1851-7587.  http://dx.doi.org/10.36995/j.recyt.2022.38.008.

El presente trabajo trata sobre un enfoque en formato de flujo de trabajo de cuestiones básicas del área, así como información a tener en cuenta durante la elaboración de investigaciones in silico. Se centró en algunos programas de diferentes partes del proceso de ensamblaje genómico, proporcionando orientación sobre su instalación y uso. Finalmente, se secuenció un organismo modelo, Staphylococcus aureus, en dos softwares, SPAdes e IDBA-UD, para la comparación y evaluación cualitativa del resultado. La evaluación de la calidad de la secuenciación se estableció mediante pruebas en los programas QUAST, BUSCO y Augustus, con el apoyo de BLASTP. La evaluación a través de QUAST arrojó valores de integridad en relación con el genoma de referencia superiores al 98% para ambas pruebas, lo que indica un ensamblaje confiable para el organismo en cuestión. La herramienta SPAdes logró secuenciar con menor capacidad computacional, pero a través de IDBA-UD se obtuvieron secuencias más contiguas. Los resultados de BUSCO mostraron solo una diferencia genética esperada. Las proteínas y genes esperados obtenidos por Augustus provocaron aciertos a través de BLASTP, es decir, secuencias de proteínas ya estudiadas y descritas para el organismo.

Palabras clave : Bioinformática; workflow; ensamblaje; genoma; herramientas computacionales.

        · resumen en Inglés | Portugués     · texto en Inglés     · Inglés ( pdf )