Resumo

CASSOL, Matheus Pedron,; LENZ, Alexandre Rafael,; ZACARIA, Rudinei,  e  SILVA, Scheila, de Avila e. Configuração de Ambiente Computacional para Montagem e Anotação Genômica: orientações para pesquisadores da Ciência da Vida. Rev. cienc. tecnol. [online]. 2022, n.38, pp.71-80. ISSN 1851-7587.  http://dx.doi.org/10.36995/j.recyt.2022.38.008.

O presente trabalho trata-se de uma abordagem em formato de workflow de questões base da área de bioinformática, assim como informações para se levar em consideração durante a elaboração de pesquisas in silico. Focou-se em alguns programas de diferentes partes do processo de montagem genômica, fornecendo orientações acerca de sua instalação e uso. Por fim, sequenciou-se um organismo modelo, Staphylococcus aureus, em dois softwares, SPAdes e IDBA-UD, para fins de comparação e avaliação qualitativa do resultado. A avaliação da qualidade do sequenciamento foi estabelecida por testes nos programas QUAST, BUSCO e pelo Augustus, apoiado pelo BLASTP. a avaliação via QUAST retornou valores de completude em relação ao genoma referência acima de 98% para ambos testes, indicando uma montagem confiável para o organismo em questão. Via SPAdes foi-se capaz de sequenciar com menor capacidade computacional, porém por intermédio do IDBA-UD obteve-se sequências mais contíguas. Os resultados advindos do BUSCO apresentaram apenas um gene esperado de diferença. As proteínas e genes esperados obtidos pelo Augustus suscitaram hits via BLASTP, ou seja, sequências proteicas já estudadas e descritas para o organismo.

Palavras-chave : Bioinformática; workflow; montagem; genoma; ferramentas computacionais.

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